Nachdem der Ludwigstein seine Funktion als Amtssitz im Jahr 1664 gegen die einer Domänenverwaltung eingetauscht hat, kommt es um 1700 zu umfangreichen Umbauten, in deren Zusammenhang unter anderem die Anzahl der Geschosse im Mittelbau verringert wird. Mehrere Jahreszahlen - etwa an der Galerie vor dem Seitenbau (1702) und am unteren Geländerpfosten der Freitreppe vor dem Landgrafenflügel (1735) - zeugen von diesen Aktivitäten, die weiter vom Charakter der Trutzburg weg und mehr hin zu einem eher gutsherrschaftlichen Erscheinungsbild führen.

Bis in das 19. Jahrhundert hinein dient der Ludwigstein vorwiegend als landwirtschaftlicher Gutshof. Letzter „Conductor“ (Pächter) ist 1815 der Oberriedener Lehrer Wilhelm Ehrbeck, der auf der Burg Schulunterricht gibt. Nachdem auch dieser das Gemäuer verlassen hat, und um 1830 die Domänenverwaltung in Wendershausen eingerichtet wird, wohnt nur noch ein Ackervogt (Hofmann) auf dem Ludwigstein. Ein erneuter Nutzungsversuch als Brauerei scheitert 1835, und so setzt allmählich der Verfall ein.

Der Turm erhält 1857 ein neues, deutlich flacheres Dach mit Blecheindeckung. Die ersten Gebäude im Umfeld und auf der Vorburg werden seit 1862 abgebrochen, und nur als Schafstall oder Lagerplatz wird die seit 1870 unbewohnte Burg noch genutzt.

Bis auf eine fast vergessene Begebenheit: Um 1875 soll hier unter abenteuerlichen Umständen ein heimliches Kundenkonvent der Tippelbrüder stattgefunden haben...

Inwieweit solche Ereignisse dazu beigetragen haben, dass der Ludwigstein in einem Vertrag von 1882 schließlich als „für wirtschaftliche Zwecke entbehrlich" bezeichnet und aus der Unterhaltsverpflichtung der Domäne entlassen wird, sei dahingestellt. Sicher ist, dass der Verfall in der Folge – nicht zuletzt aufgrund der Entnahme brauchbarer Stützelemente durch die Bauern der umliegenden Dörfer, wesentlich beschleunigt wird.