Glaubt man einer Postkarte vom 15.4.1933, so beginnt das Dritte Reich auf dem Ludwigstein "in einer ganz harmlosen Weise": Die Burg wird von der NSDAP besetzt, und zwei Parteimitglieder übernehmen die Verwaltung. Ganz harmlos? Der Schreiber dieser Karte teilt salopp mit: "...es sind zwei Kronacher". Zwei Kronacher, also Mitglieder eines Bundes alter Wandervögel, besetzen die Burg des Wandervogels. So verwirrend wie dies klingt, liest sich vieles zur Geschichte der Burg in der Zeit von 1933 bis 1945.

Am 12.11.1933 wird auf der Burg eine HJ-Gebietsführerschule errichtet - und genau eine Woche später sind die seit 1920 andauernden Arbeiten zum Wiederaufbau des Ludwigstein als Jugendburg mit der feierlichen Einweihung des Gedenkraums abgeschlossen. Zu Beginn scheint sich auf der Burg ein halbwegs erträgliches Miteinander zwischen der freien Jugendbewegung und der Hitlerjugend zu entwickeln. Dies ändert sich jedoch bald. Die vielfältigen Jugendbünde, die den Ludwigstein getragen und überhaupt erst zur Stätte der Begegnung gemacht haben, werden verboten, illegale Fortführungen bestraft. Die Älteren aus der Jugendbewegung versuchen dennoch, durch Anpassung und Trickserei an ihrer Burg festzuhalten, aber 1939 muss sich die Vereinigung endgültig auflösen, und die Burg wird dem Reichsverband für Jugendherbergen übertragen.

Rasch gründen die früheren Jugendbewegten einen Förder- und Freundeskreis. Sie können so zumindest das umfangreiche Reichsarchiv der deutschen Jugendbewegung sichern und sogar noch weiter ausbauen. Am Burgtor und am Turm werden die noch heute zu sehenden Gedenktafeln eingeweiht, die bekräftigen, dass es sich bei der Burg um ein Ehrenmal des Wandervogels handelt. Selbst im Krieg gibt der Freundeskreis noch Sonderhefte an frühere Jugendbewegte heraus und wirbt für den Ludwigstein.

Am 17.9.1941 findet aber auch diese letzte Phase begrenzt eigenständigen Handelns ihr Ende: Der Gestapo wird das beharrliche Treiben der ewig Jugendbewegten zu bunt. Der Freundes- und Förderkreis wird zwangsweise aufgelöst und das Archiv 1942 in das Reichsinstitut für nationalsozialistische Jugendarbeit nach Berlin-Charlottenburg überführt. Nach der kriegsbedingten Auslagerung aus Berlin geht es in den letzten Kriegstagen bei Lichenstein in Sachsen vollständig verloren.

Der Kreis der Ludwigsteiner, der auch nach 1941 informell fortbesteht, ergreift jedoch unmittelbar nach Kriegsende sofort wieder die Initiative. Da er während der NS-Zeit als "staatsgefährdend" eingestuft worden ist, wird er bereits im Juli 1945 von der amerikanischen Besatzungsmacht als Vereinigung Jugendburg Ludwigstein und als rechtmäßiger Eigentümer der Burg neu anerkannt.